Shinichi Kudo , seorang detektif sekolah menengah berusia 17 tahun yang biasanya membantu polis memecahkan kes penyiasatan beliau kemudian diserang oleh 2 anggota sindiket misteri ketika mengawasi sebuah kawasan. Ia kemudian diberi minum racun yang menyebabkan diri beliau menjadi kecil. beliau menjadi kanak-kanak berusia tujuh tahun. Untuk menyembunyikan identitinya dan untuk
meneruskan sindikat tersebut, Shinichi bertukar nama kepada Conan Edogawa . Conan Edogawa adalah tajuk buku penyiasatan jepun yang popular. Beliau mengambil keputusan tinggal bersama Ran Mouri (kekasih Shinichi) , dan juga ayahnya Kogoro Mouri , merupakan seorang detektif swasta

Shinichi mengambil keputusan bersekolah di Sekolah rendah Teitan dan membentuk kumpulan Detektif Cilik dengan 3 teman sekelasnya, iaitu: Ayumi Yoshida , Mitsuhiko Tsuburaya , dan Genta Kojima . Meskipun tubuhnya mengecil, ia tetap memecahkan beberapa kes penyiasatan. Beliau berjaya menyelesaikan kes pembunuhan dan meniru suara Kogoro Mouri dengan alat yang diciptakan oleh  Profesor Agasa . Kogoro Mouri, seorang detektif yang agak bodoh, awalnya bingung pada kemampuan memecahkan penyiasatan akhirnya meningkat secara mendadak. Sehingga nama Kogoro Mauri telah tekenal dengan adegan "sleping kogoro".

Ran Mouri pernah beberapa kali mencurigai bahawa Conan adalah Shinichi, namun kerana kecerdikan Conan, maka Ran pun percaya bahawa Conan bukanlah Shinichi. Selanjutnya dalam seri ini, tokoh utama lainnya, Ai Haibara, muncul. Ai adalah merupakan orang yang senasib Shinichi dan telah menyembunyikan identiti. beliau juga ada penawar untuk conan membesar Beliau mengambil ubat pengecil untuk lari dari pasukan organisasi hitam. Hanya profesor Agasa, Haibara dan emak Shinichi sahaja yang tau Conan adalah Shinichi yang selebihnya Ran, Mouri langsung tidak tahu dari mana datangnya Conan Edogawa...